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能搜到的我们已经首先完成的经济和医药作物基因测序——为橡胶树测序贴答疑

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发表于 2016-7-25 00:04 | 显示全部楼层 |阅读模式

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本帖最后由 bjnr 于 2016-10-28 16:20 编辑

除了  橡胶树以外  以下也是我国完成基因测序的经济作物


(这个是橡胶树测序贴 链接   http://lt.cjdby.net/forum.php?mo ... =2265709&extra=


中国莲基因组测序完成

继中国科学家成功完成水稻、玉米基因组测序工作后,近日,中国科学院武汉植物园研究人员与国外多家科研机构合作,顺利完成中国莲的基因组测序,构建了首张中国莲全基因组图谱,相关论文在线发表于《基因组生物学》杂志。

“该项目为将来的莲分子育种提供了坚实的基础,也标志着我国相关研究将对生物进化科学的发展作出前所未有的贡献。”武汉植物园研究员韩月澎对《中国科学报》记者说,“我们对莲的研究从未如此深入,具有如此丰富的信息。”

莲属包含中国莲和美洲莲两个种,前者广泛分布于我国、印度、日本等亚洲国家,后者主要分布于北美洲和加勒比海。我国是世界莲花起源和种植中心之一,早在7000多年前的河姆渡文化遗址中就发现莲的遗迹。目前,莲是我国重要的水生经济作物,栽培面积超过1000万亩。

2010年初,该团队成员明瑞与李绍华确定对莲花进行基因组测序。测序项目从2011年3月开始启动,主要的测序和后续拼接、分析工作到2012年上半年均已完成。与投资巨大、周期长的水稻、人类基因组项目相比,莲基因组项目耗时较短、花费最少。

“莲基因组的成功测序标志着水生植物、水生经济作物的研究进入基因组学时代。”武汉植物园助理研究员王鲁表示。

王鲁介绍说,该研究为功能基因组学、发掘新基因提供了序列和基因资源。此前由于没有基因组序列,也没有序列背景比较清楚的近缘物种,因而莲的新基因发掘进展异常缓慢。莲基因组草图从多个方面将大大促进新基因克隆。

其次,基因组测序便于遗传作图、促进莲分子育种。王鲁认为,莲基因组序列的公布将有助于科学家深入研究莲特异的生物学特征,包含荷叶表面结构、荷花的生热作用及种子千年不死的长寿秘密等。拥有了莲基因组序列,能大大加速新基因的挖掘。

在比较基因学和进化学方面,研究人员通过莲基因组中存在的各种生物进化的“蛛丝马迹”,结合其他物种的类似证据,整理出被子植物的进化脉络。同时,莲基因组测序项目结束了水生被子植物没有全基因组组装序列的历史,将促进水生经济作物育种进入新的发展时期。

韩月澎介绍说,为了面向生产,培育莲栽培品种,发展相关的种植技术,莲功能基因组学和分子育种学的研究将在武汉植物园深入进行下去。“和传统的常规育种相比,基于基因组序列的分子育种将在各方面产生推动作用。”

王鲁也认为,利用莲基因组项目提供的海量SNP信息,可进一步研发高密度SNP芯片,进而开发全基因组选择育种芯片,这将大大提高育种的选择效率
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 楼主| 发表于 2016-7-25 00:05 | 显示全部楼层
中国科学家主导完成陆地棉基因组测序  (啥意思  还有水生的?)



由中国科学家主导完成的陆地棉基因组测序研究成果于美国东部时间2015年4月20日在国际著名杂志《自然-生物技术》上在线发表封面论文。

  这一研究由南京农业大学科学家发起和主导的项目组完成。根据论文显示,陆地棉基因组测序覆盖了来自棉花两个亚基因组的共52条染色体,包括6万多个编码基因;同时还创建了包括500万个分子标记的高密度遗传图谱。

  项目发起者和主导人、南京农业大学农学院教授张天真说:“陆地棉基因组测序的完成,会极大推动棉花基因组学的研究,为棉花的遗传改良、基础生物学研究、多倍体作物的进化和杂种优势的研究发挥重要作用。”

  “通过基因组的测序,可以找到精确的陆地棉基因结构,微观分析单个基因,为陆地棉利用分子遗传育种途径改良品种提供坚实有力的基础,并为其他农作物的改良、基因组学和遗传学研究提供重要参考。”张天真说。

  陆地棉占全球棉花种植量的90%以上,而我国是纺织工业大国,是国际棉花进口量第一的国家。陆地棉基因组测序完成,对中国培育高产、抗旱和抗涝的陆地棉新品种,提高育种技术和水平有着巨大帮助。

  张天真介绍,国际陆地棉基因组测序计划由南京农业大学农学院棉花所于2010年发起并组织、2012年立项,计划得到了国家973计划和国家自然科学基金的大力支持。
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 楼主| 发表于 2016-7-25 00:06 | 显示全部楼层

RE: 能搜到的我们已经首先完成的经济作物基因测序——为橡胶树测序贴答疑

中国科学家自主完成首个果树作物基因组序列图谱



2012年21日 华中农业大学对外公布一项重大科研成果:由该校中国工程院院士邓秀新领衔的研究团队完成了甜橙基因组拼接与注释,获得了较高质量的甜橙基因组。这是中国自主完成的首个果树作物基因组序列图谱,也是目前全球最完整的甜橙基因组图谱。

  柑橘是世界重要的果树之一,而甜橙是世界第一大柑橘类型,其产量占全世界柑橘产量的60%左右。中国是世界上重要的柑橘原生中心,从2008年起,无论是从种植总面积还是总产量,中国已经超越巴西成为世界柑橘第一大生产国。
  专家称,甜橙具有多胚、遗传背景高度杂合等特点,阻碍了遗传学及育种发展。完整的基因组信息,作为一个遗传框架,将为柑橘遗传与育种改良提供依据。
  据介绍,甜橙基因组计划于2011年启动。该基因组测序采用全基因组鸟枪法策略,分别构建了多个不同插入片段长度的文库,进行双末端测序。拼装后的序列覆盖87%的柑橘基因组,获得注释的基因约3万个。通过遗传标记和染色体原位杂交分析,将基因组序列整合到9条染色体。专家研究发现,甜橙基因组中有51%的基因位点处于杂合状态。
  邓秀新院士介绍,甜橙基因组的完成,将为国内外同行研究芸香科(柑橘)的特殊生物学性状、功能基因组提供重要平台。同时,对于果实包括色、香、味、成熟期等重要性状基因的发掘及品种改良具有重要意义。这一重要成果发表在http://citrus.hzau.edu.cn网站上,为国内外学术研究提供免费数据分析。
  目前,果树作物包括葡萄、番木瓜、苹果、草莓、可可、椰枣等基因组,国际上已发表。国际柑橘基因组计划2003年启动,2011年1月释放了克里曼丁橘的基因组草图。但克里曼丁橘主要在地中海地区栽培,其产量只占柑橘总产量10%。因此,美国、巴西和中国等国科学家都期望获得高质量的甜橙基因组图谱
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 楼主| 发表于 2016-7-25 00:07 | 显示全部楼层

RE: 能搜到的我们已经首先完成的经济作物基因测序——为橡胶树测序贴答疑

我国已获得较完整的木薯基因组草图



2010年16日,从正在举行的首届中国农业科技创新论坛上获悉,中国热带农业科学院仅用1年的时间,已经完成3个木薯品种的基因组深度测序,同时采用几种超高通量测序技术,综合组装获得较完整的基因组草图。

    据中国热带农业科学院生物技术研究所所长、研究员彭明介绍,木薯是三大薯类作物之一,全球第六大粮食作物,被誉为“淀粉之王”,是世界6亿人口赖以生存的食粮。在我国,木薯作为新型能源、工业原料和潜在的粮食作物,具有良好的发展潜力,是热带地区最重要的经济作物之一,现有面积50余万公顷,产量1000万吨,年总产值140亿元,潜在面积150万公顷,预计年产值在500亿元。

    “十一五”初期(2006年),中国热带农业科学院在全球组建了木薯基因组学与生物技术研究团队,由院所两级资助,实施了木薯全基因测序。只用了一年的时间,就完成了木薯推广品种Ku50(高淀粉)和W14(野生祖先种)和CAS36(糖木薯)3个木薯品种的基因组深度测试,同时采用Solexa、454和BAC混拼策略完成基因组数据组装。

    “我国在木薯基础生物学与基因组研究领域,已处于国际领先地位。”彭明说,目前,美国只完成了1个木薯品种的基因组草图,而我国完成了3个。这些基础数据的获取,不仅能够阐明木薯基因组结构的基本特征,如基因在染色体上的线性分布、基因数量及其多样化演化,为全球采用新技术开展木薯基础与应用研究提供了必不可少的工具;而且对于进一步破解木薯高效转化太阳能累积淀粉及抗旱耐贫瘠的分子调节机制奠定了基石。木薯全基因组测序计划的完成将对全球粮食安全和生物能源发展具有重要的科学意义。

    我国在木薯研究领域已取得突出成绩。据中国热带农业科学院透露,在木薯产业研究方面,已经建立中国唯一的木薯种质资源圃(450份,覆盖全球核心种质的85%);建立完整的种质评价、新品种选育、示范、推广体系,培育了华南系列品种15个,累计推广面积1100万公顷,新增产值约110亿元;实现了产业规模化发展,从原来分散的小规模的淀粉生产企业,发展到年产淀粉200万吨,燃料乙醇100万吨,年进口木薯300万吨干片的产业规模,带动农村就业100万人以上;“木薯品种选育及产业化关键技术集成与应用”获得2009年国家科技进步二等奖;木薯品种改良的基础研究还获得国家重大基础研究(973)项目资助,建立了我国木薯转基因育种技术平台等
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 楼主| 发表于 2016-7-25 00:07 | 显示全部楼层

RE: 能搜到的我们已经首先完成的经济作物基因测序——为橡胶树测序贴答疑

我国以白菜类作物为代表的芸薹属作物基因组学研究取得国际领先


在中国农业科学院蔬菜花卉研究所和油料作物研究所、深圳华大基因研究院主导下,由中国、英国、韩国、加拿大、美国、法国、澳大利亚等国家组成的“白菜基因组测序国际协作组”共同完成了白菜全基因组研究论文,并于8月29日在国际权威学术期刊《自然—遗传学(Nature Genetics)》上发表。这是继黄瓜基因组测序和马铃薯基因组测序项目后,由中国主导,通过国际合作完成的蔬菜领域基因组研究的又一重大成果,标志着我国以白菜类作物为代表的芸薹属作物基因组学研究取得了国际领先地位。

  白菜是迄今为止测定的与模式物种拟南芥亲缘关系最近的物种,由于白菜基因与拟南芥基因存在高度的相似性,白菜基因组的测定为利用丰富的拟南芥基因的功能信息架起了桥梁,也为利用模式物种信息进行栽培作物的改良奠定了良好的基础,将极大地促进白菜类作物和其它芸薹属作物的遗传改良。

  据介绍,2003年1月在美国圣地亚哥,由英国、法国、澳大利亚、韩国、加拿大、美国、中国、德国等国际上主要的十字花科芸薹属作物(白菜、甘蓝、油菜等)研究强国组成了“多国芸薹属基因组项目指导委员会”,提出了开展芸薹属作物基因组测序研究的计划。同年6月正式启动“白菜基因组测序计划”,确定使用大白菜作为测序材料,通过多国协作,利用Sanger测序技术,以“BAC to BAC”的方式进行全基因组测序。在白菜基因组测序在举步维艰之时,2008年10月,中国农业科学院蔬菜花卉研究所在利用第二代基因组测序技术进行黄瓜基因组测序取得重大进展的基础上,联合中国农业科学院油料作物研究所和深圳华大基因组研究院,果断地启动了使用新一代技术进行白菜基因组测序的研究。2009年9月鉴于我国开展的白菜基因组测序取得重大进展,白菜基因组测序国际协作组正式决定终止原有的所有测序活动,以中国测定的白菜基因组序列为A基因组参考序列。在完成白菜基因组组装的基础上,我国科学家联合国际同行进一步开展了白菜基因组注释、比较基因组学、基因组进化和各种相关的生物学分析。分析结果表明,白菜基因组大小为约485Mb,组装共包含约42000个基因;白菜的祖先种与模式物种拟南芥非常相似,大约在1300-1700万年前发生了分化,两者依然维持着良好的基因之间的线性对应关系;白菜基因组存在3个类似但基因密度明显不同的亚基因组,其中一个亚基因组密度显著高于另外两个亚基因组,推测白菜基因组在进化过程中经历了两次全基因组加倍事件与两次基因丢失的过程。研究发现,白菜在基因组发生加倍之后,与器官形态变异有关的生长素相关基因发生了显著的扩增,白菜基因组复制导致了许多与形态变异有关的基因存在更多拷贝,这可能是白菜类蔬菜具有丰富的根、茎、叶形态变异的根本原因,这一成果对研究不同产品器官的形成与发育具有重要价值。

  白菜全基因组序列分析的完成是我国农业领域取得的重大新成果,该项目研究得到了科技部基础司、农村司和国际合作司、财政部科教文卫司、农业部科教司、国家自然科学基金委等部委的大力支持。
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RE: 能搜到的我们已经首先完成的经济作物基因测序——为橡胶树测序贴答疑

中国科学家完成花生全基因组测序 属全球首次


2013年6月17日

我国科学家完成对花生的全球首次全基因组测序,项目组以二倍体野生花生为研究对象进行测序。根据刚刚获得的消息,相应结果将于今天下午 在郑州宣布。据了解,测序由山东省农科院、广东省农科院联合牵头完成。
专家介绍,花生全基因组测序工作的完成,好比绘制了一张花生基因地图,科学家可按图索骥,培育更高产、耐旱、抗病的优质新品种,育种周期将由目前的5到6年将缩短到1到2年。
另据介绍,今后科学家可以很有目的的在相对短的时间内能够把花生的良好的性状,比如高蛋白性状,转移到另外一个品种里面去。
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 楼主| 发表于 2016-7-25 00:09 | 显示全部楼层

RE: 能搜到的我们已经首先完成的经济作物基因测序——为橡胶树测序贴答疑

Nature子刊:由中国主导完成的世界第一张西瓜基因组序列图谱面世



由中国主导完成的世界第一张西瓜基因组序列图谱面世,这是植物基因组领域研究的又一重大突破性成果,标志着我国西瓜基因组学研究取得了国际领先地位。相关文章发表于2012年11月25日的《Nature genetics》杂志上。

Nature子刊:由中国主导完成的世界第一张西瓜基因组序列图谱面世
Nature子刊:由中国主导完成的世界第一张西瓜基因组序列图谱面世
由北京市农林科学院蔬菜平台牵头,联合了中国农业科学院、深圳华大基因科技有限公司、美国康奈尔大学、荷兰瑞克斯旺等优势单位,共同完成了世界首张西瓜基因组序列图谱绘制与破译,获得了高质量的西瓜基因组序列图谱,成为由中国主导完成的世界第一张西瓜基因组序列图谱。

西瓜是全球重要的经济作物和夏季消暑水果,但就是这样一种常见的水果,人们却始终未能从内到外了解它。北京市农林科学院蔬菜研究中心主任许勇研究员,牵头进行了一项名为“国际西瓜基因组计划”的科学研究。科学家们采用“全基因组鸟枪法”测序策略,得到总量约为46G的基因序列数据,打开了西瓜生命活动的“黑匣子”。

这支科研团队发现,拼接后的序列覆盖83.2%的西瓜基因组,共鉴定出约23440个基因,其中96.8%的基因已经精确定位到染色体上。分析表明:现代栽培西瓜11对染色体是由21对祖先染色体经过复杂的断裂和融合过程进化而来。这项突破对推动西瓜育种和生产具有重大意义,也为破解葫芦科作物基因组研究奠定了基础
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中沙椰枣基因组研究取得系列进展


由中科院北京基因组研究所与沙特阿卜杜拉国王科技城(King Abdulaziz City for Science and Technology, KACST)共同参与研究的国际合作项目——椰枣基因组计划近期获得系列进展。2013年12月8日,双方在沙特阿卜杜拉国王科技城举行新闻发布会,椰枣项目中方首席科学家、北京基因组所于军研究员,首席技术指导胡松年研究员,沙特农业部部长Fahad Balghunaim,KACST总裁Ibrahim Al-Suwaiyel,沙特王子、KACST副总裁Turki bin Saud,沙特方项目负责人Ibrahim S. AL-Mssallem教授,双方参与项目的科研人员以及50多位沙特各高校和科研机构的主要负责人出席了本次发布会。

  中国科学院院长白春礼为发布会发去贺信,对项目取得的系列进展与成绩表示祝贺,并希望联合实验室在今后的科研合作中共攀科学高峰,为中沙科研合作和友谊做出更大的贡献。KACST总裁Ibrahim Al-Suwaiyel在发布会上对椰枣项目进行了介绍,他表示,此项研究是在中科院和KACST的共同努力下完成的,对椰枣序列的测定可以帮助我们提高椰枣的产量,同时预防影响椰枣成长的各种病害。

  中沙椰枣基因组计划于2008年8月正式启动,旨在帮助沙特王国建立系统的基因组学研究平台,平台涵盖基因组测序、生物信息学和宏基因组学等方面,研究对象主要为枣椰(其果实称为椰枣,树则称为枣椰)及其主要外侵害虫红棕象甲。在完善后续技术平台和建立联合实验室的基础上,双方还启动了包括阿拉伯水稻和红棕象甲虫基因组等方面的其它相关合作研究。

  椰枣是中东和北非地区广泛种植的作物,具有重要的经济价值和历史文化意义。为了揭示椰枣的生物多样性、地理种群的分布、抗旱和抗逆的分子机理、性别决定(雌雄异株植物)与分子育种研究等,科研人员开展了椰枣基因组和转录组测序工作,获得了椰枣基因组草图,覆盖了椰枣总基因组的93%。通过对椰枣基因组的分析,科研人员发现椰枣基因组中含有4万多个基因,并发现了众多与抗旱、抗病、抗盐碱以及耐高温相关的基因以及基因家族。同时,研究揭示了椰枣基因组的倍增与进化,以及椰枣果实糖类代谢和累积的过程和机制。

  另外,通过对不同椰枣品系的比较研究,研究人员描述了椰枣基因组中的变异情况,并发现了一些与重要性状相关基因的富集区域,这些工作为后续提高椰枣对环境适应性以及改善果实质量奠定了基础。此外,椰枣的产能和光合作用的细胞器——线粒体、叶绿体基因组,以及椰枣基因模型分析和椰枣果实发育分析的工作已经结束,相关文章在Nature Communications等期刊上发表。

  今后,双方将在椰枣基因组项目基础上,进一步开展棕榈科重要经济作物的大规模基因组测序与比较基因组研究项目。目前已经收集到11个重要的棕榈植物,如椰子、油棕、桃棕等,并开始了基因组测序的工作。这一重大项目的开展将推动中沙合作研究的深入,双方合作将进入更为紧密的新阶段。


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中国科学家PNAS发布辣椒全基因组测序



为了更好的理解辣椒属的进化、驯化和特化,四川农业大学玉米研究所、遵义农科院辣椒研究所、华南农业大学园艺学院、华大基因等机构的研究人员对栽培辣椒及其野生祖先进行了基因组测序。文章于三月三日发表在美国国家科学院院刊PNAS杂志上。 观看英文在线讲座:二代测序的技术、应用、和数据分析概述 分享到:     生物通 www.ebiotrade.com
  
生物通报道:辣椒(Capsicum annuum)又叫番椒、海椒、辣子、辣角、秦椒等,是一种茄科辣椒属植物,且是世界上唯一具有辣味的植物。和西红柿一样,这种最初被认为果实有毒的植物,现今已是全球约20亿人口日常饭桌上的常用蔬菜,是一种重要的经济作物。它在满足人们口腹之欲的同时,还是世界上广为使用的药物。辣椒富含维生素和营养,可以用来生产许多药物、天然染色剂和化妆品。生物通 www.ebiotrade.com
!--EndFragment--对于这种植物的基因组特征、进化、驯化及遗传机制,科学家仍知之甚少。为了更好的理解辣椒属的进化、驯化和特化,来自遵义市农业科学研究院、四川农业大学、华南农业大学、深圳华大基因研究院和墨西哥生物多样性基因组学国家重点实验室等13家科研院所合作完成的辣椒基因组研究成果于2014年3月3日在国际著名期刊《美国国家科学院院刊》(PNAS)上发表文章“Whole-genome sequencing of cultivated and wild peppers provides insights into Capsicum domestication and specialization”,公布了辣椒(Capsicum annuum L.)的基因组,此次测序的辣椒品种为遵义市农业科学研究院选育的品种“遵辣1号”(Zunla-1)和其来自墨西哥的野生种“Chiltepin”。
文章的第一作者是遵义市农业科学研究院、四川农业大学和华南农业大学联合培养的博士生覃成,通讯作者分别为四川农业大学的张志明教授,华南农业大学的胡开林教授,遵义市农业科学研究院的余吉平院长,华大基因的尹烨博士,及墨西哥生物多样性基因组学国家重点实验室的Luis Herrera-Estrella研究员。生物通 www.ebiotrade.com
在这项研究中,研究人员分别对栽培辣椒Zunla-1和其野生祖先Chiltepin进行了全基因组测序,构建了高密度的连锁图谱,并组装得到高质量的基因组精细图谱。两个基因组大小约为3.3Gb,分别有35,336和34,476个基因,12对染色体,其中约90%的基因都锚定到这些染色体上。
   研究发现辣椒基因组包含大量的重复序列,约有2.7Gb(占基因组大小的81%),远高于其在西红柿(479Mb,61%)和马铃薯(399Mb,61%)中的含量,并且以Gypsy(54.5%)和Copia(8.6%)两种类型的重复序列为主。进一步的进化分析表明Gypsy在约30万年时发生了大规模的扩张和复制,导致辣椒基因组是西红柿和马铃薯基因组大小的4倍。研究指出,串联重复基因的剂量补偿效应可能为辣椒赋予了辣味上的多样性。生物通 www.ebiotrade.com
   在对辣椒与其他茄科植物的比较基因组及进化分析中,研究人员发现,辣椒和西红柿、马铃薯一样,经历了一次三倍化事件和一次全基因复制事件,但是由茄科中分化出的辣椒属分支并未发生全基因组的复制,进一步证实辣椒的基因组扩张是由近期重复序列的扩张复制导致的。相对于马铃薯和西红柿,辣椒基因组产生了大量的重排和异位事件。
   辣椒基因组序列为茄科植物的生物学研究提供了宝贵的新资源,发现了人工选择的分子足迹,找到了一系列候选驯化基因。在这项研究中,对18个栽培品种和2个其他野生种的重测序数据分析鉴定得到511个候选的驯化基因,这可能解释野生和栽培种辣椒之间的差异;在这些基因中有一些可能与种子休眠缩短、抗病原体和抗逆性增强以及储存寿命增加有联系。同时,不同辣度的辣椒相关转录组数据的比较分析揭示辣椒素合成的相关基因,其中两个相邻的酰基转移酶基因(AT3-D1和AT3-D2)可能负责辣椒素的最终合成,初步解释了“辣椒为什么会辣”这个备受关注的生物学问题。另外,研究人员还对辣椒和西红柿果实的发育进行了深入的比较分析,获得了辣椒果实成熟后仍然坚硬等生物学特性相关的候选基因。这些发现为辣椒开展分子标记辅助育种提供了重要的基因资源。生物通 www.ebiotrade.com
   美国农艺学会主席、新墨西哥州立大学辣椒研究所所长 Paul Bosland教授表示,“中国科学家主导的高质量辣椒基因组图谱的完成为辣椒的研究打开了新的一页。该图谱将促进辣椒抗性、品质等重要农艺性状基因的定位研究,为通过分子育种进行辣椒品种改良奠定基础,同时还将促进茄科植物的进化研究,以及果实发育机理等基础生物学研究”。
   为方便全球辣椒科研人员获得辣椒的基因序列,覃成及其团队创建了辣椒数据库网站(http://peppersequence.genomics.cn),供全球辣椒研究者免费下载。辣椒基因组的成功解析及其群体遗传学研究将为培育高产、优质和抗病的新品种辣椒奠定坚实的遗传学基础,同时也为该物种的基础生物学研究提供宝贵的资源。(此前,另一个研究团队也发布了辣椒的基因组测序成果



部分作者简介:生物通 www.ebiotrade.com
张志明,男,博士,研究员,博士生导师。1979年1月出生,山东省昌乐县人。1997-2001年就读于山东农业大学生命科学学院生物技术专业,2001年6月获理学学士学位;2001-2006年就读于四川农业大学玉米研究所生物化学与分子生物学专业,2003年批准提前攻读博士学位,并于2006年7月获理学博士学位;2006年7月至今在四川农业大学玉米研究所从事教学科研工作;2009年1月,晋升副教授,2009年6月批准为“生物化学与分子生物学”专业硕士生导师,2012年6月批准为“生物化学与分子生物学”专业博士生导师,2013年3月,晋升研究员。2011年11月起在美国冷泉港实验室进行为期2年的访问学习,主要开展植物基因组学、生物信息学及比较基因组学等方面的学习和国际交流合作。现主要从事玉米重要性状基因的QTL定位、图位克隆及功能验证,玉米重要性状基因关联分析及功能标记的开发,玉米重要性状的miRNA调控及相关基因的功能研究,玉米群体基因组学及生物信息学等。现主要从事玉米重要性状基因的QTL定位、图位克隆及功能验证,玉米重要性状基因关联分析及功能标记的开发,玉米重要性状的miRNA调控及相关基因的功能研究,玉米群体基因组学及生物信息学等。 !--?xml:namespace prefix = o ns = "urn:schemas-microsoft-com:office:office" /--
胡开林, 1963年3月生,广西临桂县人,1963年3月22日,博士,教授,博士生导师。1984毕业于华南农学院园艺系,学习蔬菜专业,获学士学位;1987毕业于华南农学院园艺系,学习蔬菜专业,获硕士学位。1987年2月于大连外国语学院进修日语,同年10月赴日本冈山大学农学院继续攻读硕士,获硕士学位;1993年于日本冈山大学农学院毕业,获博士学位。1993年4月至10月在日本冈山大学农学院博士后流动站做研究。1994年5月至1997年3月,北京农业大学(现在的中国农业大学)植物科技学院蔬菜系主任。1998年5月至2007年1月,华南农业大学园艺学院副院长。研究方向为蔬菜遗传育种和蔬菜作物生物技术。生物通 www.ebiotrade.com
供稿:覃成  生物通编辑:叶予(部分翻译及合成)


生物通推荐原文摘要:
Whole-genome sequencing of cultivated and wild peppers provides insights into Capsicum domestication and specialization生物通 www.ebiotrade.com
As an economic crop, pepper satisfies people’s spicy taste and has medicinal uses worldwide. To gain a better understanding of Capsicum evolution, domestication, and specialization, we present here the genome sequence of the cultivated pepper Zunla-1 (C. annuum L.) and its wild progenitor Chiltepin (C. annuum var. glabriusculum). We estimate that the pepper genome expanded ~0.3 Mya (with respect to the genome of other Solanaceae) by a rapid amplification of retrotransposons elements, resulting in a genome comprised of ~81% repetitive sequences. Approximately 79% of 3.48-Gb scaffolds containing 34,476 protein-coding genes were anchored to chromosomes by a high-density genetic map. Comparison of cultivated and wild pepper genomes with 20 resequencing accessions revealed molecular footprints of artificial selection, providing us with a list of candidate domestication genes. We also found that dosage compensation effect of tandem duplication genes probably contributed to the pungent diversification in pepper. The Capsicum reference genome provides crucial information for the study of not only the evolution of the pepper genome but also, the Solanaceae family, and it will facilitate the establishment of more effective pepper breeding programs.
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RE: 能搜到的我们已经首先完成的经济作物基因测序——为橡胶树测序贴答疑

中国农科院科学家首次破译油菜多倍体基因组


发表于 2014-09-02



由国际油菜测序联盟牵头,中国农业科学院油料作物研究所等国内外相关机构首次完成甘蓝型油菜的基因组测序工作。这是国际上首次对传统多倍体作物的复杂基因组进行完整测序和组装,并完成了其与亲本种的系统比较和进化分析。相关成果日前发表于《科学》杂志。

  甘蓝型油菜是我国主要油料作物,其基因组被命名为AACC,由白菜/白菜型油菜(基因组为AA)和甘蓝(基因组为CC)约于7500年前(新石器后期)在地中海地区经自然杂交形成,为冬油菜类型。在20世纪传入我国和北美后,经杂交和选择分别形成了大面积栽培的半冬性油菜和春油菜类型。国际油菜测序联盟分别测序了这3种类型,并决定首先对最早栽培的冬油菜类型进行集中分析。

  研究发现,甘蓝型冬油菜基因组至少包含10多万个蛋白编码基因,为至今测序的植物种中基因数最多的物种。借助与亲本种甘蓝和白菜基因组的比较,科学家发现,该基因组进化的突出特点是两个亚基因组(A和C)存在广泛的、相互的基因或DNA序列置换。

  据该项目技术负责人之一、中国农科院油料作物所研究员刘胜毅介绍,甘蓝型油菜及其祖先种中的多次基因组加倍事件,为研究植物多倍体基因组进化提供了极好的材料。下一步将重点从基因组角度,探讨该多倍体的协调进化规律及其对性状形成的影响和多倍体优势形成机制。

  我国油菜和甘蓝基因组测序和分析项目总负责人、中国农科院油料作物所研究员王汉中表示,上述成果对有效指导和促进油菜遗传改良具有重要意义,尤其是该多倍体基因组的多拷贝基因和其进化特点,为含油量、适应性等分子育种选择提供了丰富的基因库
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 楼主| 发表于 2016-7-25 00:13 | 显示全部楼层

RE: 能搜到的我们已经首先完成的经济作物基因测序——为橡胶树测序贴答疑

百迈客携手国内外多家院校完成世界首个猕猴桃全基因组测序


由来自中国和美国的科学家们组成的研究小组,在一项研究中以中华猕猴桃(Actinidia chinensis)为材料,全面解析了首个猕猴桃全基因组序列信息,绘制了该物种的遗传图谱,并以此发现了这种水果的39,040种基因与包括土豆和西红柿在内的其他植物物种之间存在的许多遗传相似性。同时,研究还揭示了数百万年前猕猴桃基因组中发生的两次重大进化事件。这项重要研究成果正式发表在了10月18日的《Nature Communications》杂志上。  



合肥工业大学的刘永胜教授,美国康奈尔大学费章君博士以及北京百迈客生物科技有限公司的郑洪坤先生是这篇论文的共同通讯作者。猕猴桃起源于中国,是杜鹃花目蔓生木本植物,果实具有较高的营养价值和良好口感。在20世纪初被作为一种优秀的经济作物广泛传播到世界各地。由于木本植物基因组杂合率远高于其他物种,测序和组装存在很大难度;而猕猴桃基因组的杂合率高达1.05%(绝大多数生物基因组杂合率< 0.5%),故该项研究结合了百迈客自主研发的SLAF-seq技术辅助进行了基因组组装,具有很高的学术价值。   

研究采用红阳品种猕猴桃,使用Illumina Hiseq2000测序方法,140X覆盖度,利用包含4,301个SLAF标记的高密度遗传图谱辅助scaffold序列组装到29个染色体上,最终结果获得基因组大小为616.1Mb,包含39,040个基因,高杂合率(1.05%),scaffold N50为647K,远超国际同类型物种基因组组装水平。

基于全面完整的全基因组序列信息,科学家们进一步观察到猕猴桃DNA存在高比例的相似性,进而揭示出在大约2700万和8000万年前,猕猴桃在细胞分裂过程中发生了两次不同寻常的重大变异事件:在基因组发生加倍事件导致广泛的基因扩增之后,又发生了大规模的基因缺失。在基因复制过程中,额外的基因频繁发生突变,产生了猕猴桃全新的功能。参与调控猕猴桃重要经济特征,例如水果维生素C、类黄酮和类胡萝卜素代谢的基因大量增加。研究同时比较分析了猕猴桃与西红柿、水稻、葡萄和拟南芥的基因组信息,揭示出大约8000种基因共同存在于这5个物种中,并描绘了包括与生长、成熟、营养代谢和抗病性相关的发育基因的进化关系。
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 楼主| 发表于 2016-7-25 00:29 | 显示全部楼层

RE: 能搜到的我们已经首先完成的经济作物基因测序——为橡胶树测序贴答疑

中国科学家主导完成的白菜全基因组研究成果于《自然-遗传学》杂志发表



2011年8月29日,由中国农业科学院蔬菜花卉研究所和油料作物研究所、深圳华大基因研究院主导,英国、韩国、加拿大、美国、法国、澳大利亚等国家组成的“白菜基因组测序国际协作组”(Brassica rapa Genome Sequencing Project Consortium, BrGSPC)共同合作完成的白菜全基因组研究成果(The genome of the mesopolyploid crop species Brassica rapa)在国际权威杂志《自然-遗传学》(Nature Genetics)上在线发表(http://www.nature.com/ng/journal/vaop/ncurrent/abs/ng.919.html)。这是由中国科学家主导,通过国际合作完成的又一重大成果,标志着我国以白菜类作物为代表的芸薹属作物基因组学研究取得了国际领先的地位。

      白菜类蔬菜包括结球白菜、小白菜、菜心和芜菁等形态各异的一大类蔬菜,其中结球白菜和小白菜是我国栽培面积和消费量最大的蔬菜作物。我国是世界最大的白菜生产国,目前大白菜和小白菜栽培面积已超过400万公顷,总产量约12,000万吨,在我国的蔬菜供应中具有举足轻重的地位。白菜在韩国、日本以及东南亚各国也是主要的蔬菜。此外,白菜(A基因组)还是世界上最主要的油料作物油菜(由AC基因组组成的异源四倍体)和油料蔬菜兼用作物芥菜(由AB基因组组成的异源四倍体)的基本种。因此,白菜全基因组测序的完成对白菜类作物和其它芸薹属类作物的遗传改良具有重要的意义。

据了解,中国农业科学院蔬菜花卉研究所联合油料作物研究所和深圳华大基因研究院于2008年10月启动白菜基因组测序项目,2009年9月鉴于我国开展的白菜基因组测序取得重大进展,BrGSPC正式决定终止原有的所有测序活动,以中国测定的白菜基因组序列为A基因组参考序列。

在完成白菜基因组组装的基础上,我国科学家联合国际同盟进一步开展了白菜基因组注释、比较基因组学、基因组进化和各种相关的生物学分析。分析结果表明,白菜基因组大小为约485Mb(由于重复序列的分布过于集中,因此实际组装的长度为285Mb,基因组覆盖度大于98%),共包含约4万多个基因;白菜的祖先种与模式物种拟南芥非常相似,它们大约在1300-1700万年前发生了分化,两者依然维持着良好的基因之间的线性对应关系;白菜基因组存在3个类似但基因密度明显不同的亚基因组,其中一个亚基因组密度显著高于另外两个亚基因组,推测白菜基因组在进化过程中经历了两次全基因组复制事件与两次基因丢失的过程。研究还发现,白菜在基因组发生复制之后,与器官形态变异有关的生长素相关基因发生了显著的扩增,白菜基因组复制导致了许多与形态变异有关的基因保留更多拷贝,这可能是白菜类蔬菜具有丰富的根、茎、叶形态变异的根本原因,这一成果对研究不同产品器官的形成与发育具有重要价值。

白菜是迄今为止测定的与模式物种拟南芥亲缘关系最近的物种。拟南芥是目前世界上研究的最为透彻的物种,大量的拟南芥基因功能得到了阐明。由于白菜基因与拟南芥基因存在高度的相似性,白菜基因组的测定为利用丰富的拟南芥基因的功能信息架起了桥梁,这为利用模式物种信息进行栽培作物的改良奠定了良好的基础,将极大的促进白菜类作物和其它芸薹属作物的遗传改良。白菜全基因组序列图谱的完成进一步丰富了蔬菜遗传育种理论,有利于促进我国白菜类作物的遗传改良,对巩固和提高我国白菜类作物育种的国际领先地位有着十分重要的作用。

白菜全基因组序列分析的完成是我国农业领域取得的重大新成果,该项目研究得到了科技部基础司、农村司和国际合作司、财政部科教文卫司、农业部科教司、国家自然科学基金委等部委的大力支持
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 楼主| 发表于 2016-9-20 00:58 | 显示全部楼层

RE: 能搜到的我们已经首先完成的经济作物基因测序——为橡胶树测序贴答疑

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9月6日,《自然-遗传》(Nature Genetics)杂志在线发表了浙江大学农业与生物技术学院园艺系教授张明方团队的最新研究成果,课题组通过高通量测序技术,绘制了世界上第一张榨菜全基因组图谱,并从基因组选择与进化层面解答了榨菜“家乡味”的成因,这一进展将对芥菜类蔬菜作物的改良产生重要意义。

菜用芥菜是我国重要的加工蔬菜,榨菜和雪里蕻、大头菜等都属于不同的变种,它们在浙江、四川、重庆等南方许多省市广泛栽培。那么榨菜、梅干菜的“家乡味”,是受什么基因影响呢?通过全基因组分析,课题组找到了两组同源基因序列,“其中一组与硫代葡糖糖苷代谢有关,它们发生了差异化进化,这就是为什么我们有的榨菜闻起来香,有的香味不明显。另外一组则与油脂代谢有关,决定着油用芥菜的产油量和油脂的组分。”

据论文第一作者杨景华副教授介绍,多倍化是植物进化中的普遍现象。半个世纪以来,众多学者以小麦、棉花、油菜等为模式作物,对复杂基因组组装和同源基因表达进行了广泛研究,但尚未揭示多倍体物种中同源基因表达与选择的机制。这种机制,终于通过我国的“乡土”作物榨菜得到了揭示:异源多倍体芥菜亚基因组间呈非对称进化,亚基因组间同源基因中具有显著表达差异的基因表现出更快的进化速率,这些基因在菜用和油用芥菜分化中受到选择。

张明方认为,榨菜全基因组信息的解析不但可以推动芥菜类蔬菜作物分子育种的进程,同时,还能以从理论上预测重要农业性状的选择,推动对基因组育种的认识和应用。“我们将进一步寻找植物性状与基因序列之间对应的关系,将来,我们就可以在实验室里精准地进行分子设计育种,加速新品种选育的进程。”

“例如,田间的榨菜有的抗病能力强,有的则很容易遭到病害,我们会试图找到决定抗病能力的基因,通过分子育种的方式对作物进行改良。”杨景华说,“课题组还试图通过找到控制榨菜膨大部位的基因,来‘设计’膨大部位所在的高度,以便于机械化采收。”

《自然-遗传》的外审专家认为,“这些亚基因组间具有表达差异的同源基因对多倍体演化起着重要作用,可用于作物改良的目标基因的选择。”

据介绍,该研究与北京百迈客生物科技有限公司、中国农科院蔬菜花卉研究所、美国内布拉斯加大学、澳大利亚西澳大学、印度德里大学等国内外科研单位广泛合作。该项研究成果得到了浙江省科技计划公益技术研究农业项目、农业部财政专项和国家自然科学基金等项目的支持
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发表于 2016-9-22 10:46 | 显示全部楼层
菠萝、水稻、油菜、家蚕。。。。
这个现在谈不上技术含量,完全就是比钱。
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发表于 2016-9-22 13:04 | 显示全部楼层
橡胶树呢?不能带头标题党啊。
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 楼主| 发表于 2016-9-22 21:37 | 显示全部楼层

RE: 能搜到的我们已经首先完成的经济作物基因测序——为橡胶树测序贴答疑

emellzzq 发表于 2016-9-22 13:04
橡胶树呢?不能带头标题党啊。

那个帖子就在版里啊 翻一下
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发表于 2016-9-23 11:07 | 显示全部楼层

RE: 能搜到的我们已经首先完成的经济作物基因测序——为橡胶树测序贴答疑

bjnr 发表于 2016-9-22 21:37
那个帖子就在版里啊 翻一下

你这个帖子都没提啊。应该在一楼就给大家一个链接,让人知道前因在哪吧。
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发表于 2016-10-5 23:28 | 显示全部楼层
感觉科技大爆炸啊
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 楼主| 发表于 2016-10-28 16:20 | 显示全部楼层
科技日报东京10月27日电 (记者陈超)日本理化学研究所、千叶大学、高知大学和大阪大学等组成的一个研究小组宣布,他们对中药材“甘草”进行了全基因组测序,成功取得了推测的全部基因94.5%的基因信息。

甘草是一种豆科植物,广泛应用于各种中药中,是重要的中药原料。它具有改善肝功能、治疗消化性溃疡、抗炎症及止疼止咳等多种功效。甘草根部富含的主要成分甘草甜素的甜度是砂糖的150倍,可用作非糖基甜味料,具有预防代谢综合征的作用。同时甘草也是医药、化妆品、天然甜味料的重要原料,需求量极大。对其进行基因组测序,不但可根据其基因组信息高效育种,还可对有效药用成分甘草甜素遗传基因进行深入研究,以期实现生物合成。

研究小组选择甘草中质量最好的“乌拉尔甘草”进行全基因组测序。通过对获得的基因信息进行分析,发现了34445个蛋白质遗传基因代码。研究小组用甘草的基因组信息,与其他豆科植物的基因组信息及全基因组进行了分析比较,结果发现了药效成分之一、异黄酮的生物合成相关基因群的一部分形成基因簇。研究小组进一步对生物合成相关的含有酶基因的基因家族深入分析,发现了其遗传结构和遗传表达。

目前,日本90%的医生使用中药来治疗疾病,使用量逐年增加。现日本甘草等中药材85%从中国进口,为了满足不断扩大的市场需求,该研究对日本甘草的分子育种栽培、改进中药材功效,以及深入研究生产药效成分所必需的有用遗传基因具有重要意义。
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发表于 2016-12-18 09:43 | 显示全部楼层
我们所在做石榴的全基因组测序,去年开始的,预计明年会出结果。项目启动的原因是一笔经费花不完了。。。启动的时候整个课题组没有一个人真正做过分子。不过后来招了几个能力很好的博士。所以说大课题越做越大,投靠的人就越来越多,影响力也越来越大。
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 楼主| 发表于 2016-12-18 22:20 | 显示全部楼层

RE: 能搜到的我们已经首先完成的经济和医药作物基因测序——为橡胶树测序贴答疑

醉月伴潮升 发表于 2016-12-18 09:43
我们所在做石榴的全基因组测序,去年开始的,预计明年会出结果。项目启动的原因是一笔经费花不完了。。。启 ...

这个有结果了  一定告诉本版的同好啊 大家都真心为你们高兴

本版也能抢先报道一次 资金充足也是好事儿
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 楼主| 发表于 2017-3-28 18:27 | 显示全部楼层
科学家完成马铃薯基因组测序

2011年7月10日,由中国华大基因研究所为首的26家中外科研机构联合在国际著名杂志《自然》(Nature)上在线发表了题为“块茎作物马铃薯的基因组测序及分析”(Genome sequence and analysis of the tuber crop potato)的研究论文,新研究为马铃薯的遗传学研究及分子育种提供了非常有价值的资源。

马铃薯是世界上四大作物之一,也是最重要的蔬菜作物。破译马铃薯基因组序列对帮助科学家们从分子水平上了解马铃薯的生长、发育及繁殖过程,以及改良和提高马铃薯的品种产量、品质和抗病性具有重要的意义。

早在2006年,中国农科院副院长屈冬玉博士作为项目发起人之一,组建了由农科院蔬菜花卉所和深圳华大基因研究院的专家组成的中方团队,参与启动了国际马铃薯基因组测序计划。针对马铃薯基因组高度杂合、物理图谱质量不高、测序成本高等难以克服的困难。中方首席科学家黄三文博士提出了以单倍体马铃薯为材料来降低基因组分析的复杂性,并采用快捷的全基因组鸟枪法策略和低成本的新一代DNA测序技术的新策略。这一策略的改变,大大提高了国际马铃薯基因组测序协会(Potato Genome Sequencing Consortium)的研究进程,促使中国团队实现了从参与到主导地位的改变。

在这篇新文章中,研究人员沿用了上述策略,他们首先将一种普通四倍体马铃薯栽培种诱导生成了一种纯和的双单倍体植株。随后,研究人员针对这一单倍体植株进行了基因组测序,并拼接了马铃薯844 Mb基因组中的86%的序列,从中研究人员推测马铃薯基因组约包含有39031个蛋白质编码基因。研究结果显示马铃薯至少存在两次基因组复制事件,表明了其古多倍体起源。测序结果还证实马铃薯基因组中包含了被子植物进化枝中2642个特异基因。此外,研究人员还对一个杂合二倍体马铃薯植株进行了测序,发现了一些基因组变异以及一些可能与马铃薯近交衰退有关的高频率的有害突变。研究结果表明基因家族扩增,组织特异性表达,以及新通路中基因的招募导致了马铃薯的进化。

此次的马铃薯全基因测序研究为科学家们对马铃薯这一重要农作物进行遗传改良提供了重要的数据资源和平台。
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